程一言担任内阁首辅后，做的第一件事就是整顿吏治。
他发现，徐阶病逝后，不少严嵩的旧部又开始活跃起来——工部侍郎张守直暗中克扣水利工程款，将银子中饱私囊；
山东巡抚李辅为了政绩，虚报粮食产量，强迫百姓缴纳超出实际的赋税；还有几位御史，收受贿赂，为贪官污吏充当保护伞。
程一言立刻上书隆庆帝，请求派御史严查这些官员。隆庆帝准奏后，他挑选了一批正直、敢言的御史，分赴各地调查。不到一个月，张守直、李辅等人的罪证就被查实——张守直克扣工程款十万两，李辅虚报产量三十万石，几位御史受贿数万两。程一言奏请隆庆帝，将这些官员革职查办，抄没家产，对贪腐严重的张守直、李辅判处流放，对受贿的御史处以杖刑，贬为庶民。
这一系列举措，震慑了朝中的贪官污吏，也让百姓拍手称快。不少正直的官员纷纷上书，支持程一言的整顿行动，朝堂风气为之一清。
与此同时，程一言继续推进海贸的发展。他奏请隆庆帝，在福建的厦门、广东的澳门设立新的市舶司，允许欧洲、东南亚的商船停靠；又与荷兰东印度公司签订新的贸易协议，将丝绸的出口量从每年十万匹增加到十五万匹，瓷器的出口量从每年五十万件增加到八十万件，同时约定荷兰东印度公司每年向大明供应二十万斤铜料——铜料是铸造银币、火炮的重要原料，之前大明的铜料大多依赖云南铜矿，产量有限，有了荷兰的铜料供应，银币的铸造量能增加三成，火炮的生产也能加快速度。
为了防止私铸银币死灰复燃，程一言还让人改进了银币的铸造工艺——在银币的边缘刻上连续的“隆庆通宝”字样，形成防伪纹，只要银币被切割，纹路就会断裂；在银币的正面压印微小的“户部监制”印章，用放大镜才能看到，私铸者很难仿制。这些改进，大大提高了银币的防伪能力，私铸银币的情况几乎绝迹。
在北境通商方面，程一言的奏请也得到了隆庆帝的批准。延绥、宁夏的互市很快便设立起来，程一言派了五千名士兵前往两地，负责维护互市秩序，保护商人安全；又从户部调拨五万两白银，用于修建互市的摊位、仓库和茶马司的办公房。
茶马司设立后，程一言让人制定了严格的制度：茶叶必须是湖南安化、湖北羊楼洞等地的优质砖茶，每块砖茶重两斤，上面印有“茶马司监制”的字样，不合格的茶叶一律不准出售；采购的马匹必须是三岁以上、身高五尺以上的健康马匹，由专门的兽医进行检查，合格的马匹加盖“茶马司验讫”的印章，送入边防军马场，不合格的马匹一律退回。
短短半年时间，延绥、宁夏互市就热闹起来，每日的税收从最初的两千两增加到一万两，每月能为国库增加三十万两收入，采购的优质战马达到五千匹，大大增强了北方边防军的战斗力。
这天，程一言正在内阁处理奏折，利玛窦匆匆赶来，脸上带着兴奋的笑容：“程大人，好消息！《几何原本》的前六卷已经翻译完成了！翰林院的学士们都说这本书太精妙了，里面的逻辑推理方法、几何定理，对大明的天文、建筑、数学都有很大帮助。您看，这是翻译稿。”
程一言接过翻译稿，只见上面用工整的小楷写着“几何原本卷一”，开篇是“凡论几何，先从点始，点无大小，仅有位置……”虽然他对数学知识了解不多，但也能看出文本简洁、逻辑清淅。他笑着道：“利先生，辛苦你和翰林院的学士了！我这就奏请皇上，将《几何原本》刊印发行，让天下的学子都能学习。另外，你们还带来了哪些西方书籍？若是有关于水利、农学、天文的，都可以翻译出来，大明很需要这些学问。”
利玛窦连忙道：“我们还带来了《泰西水法》，里面记载了欧洲的水利技术，包括修建水库、开凿运河、制造水车的方法，或许能帮助大明治理黄河；还有《农政全书》的欧洲增补版，里面介绍了欧洲的种植技术，比如如何改良土壤、如何防治病虫害。”
程一言心中大喜：“太好了！黄河水患是大明的心头大患，每年都要花费大量的银子治理，却效果不佳。《泰西水法》若是真能有用，定能解决这个难题。你尽快组织人手翻译这些书籍，翻译完成后，我会让工部、户部的官员仔细研究，尽快应用到实际中。”
利玛窦又说道：“程大人，我们还有一个请求——想在京城设立一所教堂，传播天主教的教义；同时开办一所学校，教授西方的数学、天文、地理知识，让大明的学子能系统地学习西方学问。不知皇上是否会同意？”
程一言沉吟片刻，说道：“设立教堂和学校之事，我需要奏请皇上。不过，我认为只要不违背大明的律法和礼仪，不强迫百姓信教，不干涉朝政，皇上应该会同意的。大明向来兼容并蓄，只要是对金手指：大明金融投机录
第十九章北境通商，西学东渐
大明向来兼容并蓄，只要是对国家有益、对百姓无害的事，都可尝试。我会向皇上说明，西学东渐不仅能丰富大明的学问体系，还能借鉴西方技艺改良民生，想必皇上会理解。”
三日后，程一言在早朝时向隆庆帝奏请设立教堂与西学学堂。不出所料，朝中立刻有大臣反对——御史刘台出列道：“皇上，西方教义与我大明儒家思想相悖，若任由其传播，恐会扰乱民心，动摇国本！学堂教授西学，更是会让学子们舍弃孔孟之道，万万不可！”
程一言上前一步，从容反驳：“刘大人此言差矣。西学中的数学、天文、水利之术，皆是实用之学，与儒家‘经世致用’的理念并不冲突。就如《几何原本》中的逻辑推理，可助学子们更清淅地分析问题；《泰西水法》中的水利技术，能解黄河水患之困，这难道不是对大明有益之事？至于教义，臣已与利玛窦约定，教堂只可自愿入内，不得强迫百姓信教，更不得干涉朝政，何谈动摇国本？”
徐阶病逝后接任礼部尚书的陆树声也附和道：“程大人所言极是。我大明自永乐年间便有郑和下西洋，与各国交流互通，如今引入西学，不过是延续这份兼容之心。若能取西方之长补大明之短，实乃国家之幸。”
隆庆帝沉吟片刻，最终拍板：“准奏！教堂与学堂可设于京城南郊，需遵守大明律法，不得滋事。学堂可招收民间子弟，由翰林院学士与西洋传教士共同授课，中西学问兼修，以观成效。”