唐僖宗中和三年，公元883年
春季正月，李克用的部将李存贞在沙苑击败黄揆；己巳日，李克用率军进驻沙苑。黄揆是黄巢的弟弟。王铎秉承皇帝旨意，任命李克用为东北面行营都统，任命杨复光为东面都统监军使，陈景思为北面都统监军使。乙亥日，朝廷颁布诏令，任命中书令、诸道行营都统王铎为义成节度使，命他赶赴镇所。田令孜想要抬高宦官集团的地位，声称王铎讨伐黄巢长期没有功劳，最终采用杨复光的计策，召来沙陀军才击败贼寇，因此罢免王铎的兵权来取悦杨复光。朝廷又任命副都统崔安潜为东都留守，任命都都监西门思恭为右神策中尉，兼任诸道租庸使及催促诸道进军等使。田令孜自认为建议僖宗前往蜀地、收缴传国玉玺、收藏列代先帝画像、散发家财犒劳军队都是自己的功劳，便指使宰相和藩镇共同请求为他加官进赏，僖宗于是任命田令孜为十军兼十二卫观军容使。
成德节度使、常山忠穆王王景崇去世，军中拥立他的儿子节度副使王镕执掌留后事务，当时王镕年仅十岁。
朝廷任命天平留后朱瑄为节度使。
二月壬子日，李克用率军挺进乾坑，与河中、易定、忠武军会合。尚让等人率领十五万部众屯驻梁田陂，第二天，双方展开大战，从午时打到申时，贼军大败，被俘和斩杀的有数万人，尸体连绵三十里。黄巢的部将王璠、黄揆趁机袭击华州并占据此地，守将王遇逃走。
当初，光州刺史李罕之遭到秦宗权的攻打，放弃光州逃往项城，率领残余部众归附诸葛爽，诸葛爽任命他为怀州刺史。韩简攻打郓州，历时半年未能攻克。诸葛爽又率军袭取河阳，朱瑄遣使求和，韩简便放弃攻打郓州，率军袭击河阳。诸葛爽派遣李罕之在武陟迎战，魏博军大败而归。大将澶州刺史乐行达率先返回魏州，占据州城，军中共同拥立乐行达为留后，韩简被部下杀死。己未日，朝廷任命乐行达为魏博留后。
甲子日，李克用进军包围华州，黄思邺、黄揆环城固守。李克用分遣骑兵屯驻渭北。
朝廷任命王镕为成德留后。
朝廷任命郑绍业为太子宾客、分司东都，任命陈儒为荆南留后。
峡路招讨指挥使庄梦蝶被韩秀升、屈行从击败，退守忠州，应援使胡弘略也出战失利。江淮地区上缴朝廷的贡赋都被贼军截断，朝中百官没有俸禄。云安、淯井的通道也无法通行，民间缺乏食盐。陈敬瑄上奏朝廷，任命眉州防御使高仁厚为西川行军司马，率领三千士兵讨伐韩秀升、屈行从。
朝廷加封凤翔节度使李昌言为同平章事。
黄巢的军队屡次战败，粮草又已耗尽，暗中谋划逃跑，调发三万士兵扼守蓝田通道。三月壬申日，黄巢派遣尚让率军援救华州。李克用、王重荣率军在零口迎战，击败尚让。李克用进军渭桥，骑兵屯驻渭北，他每天夜晚命令部将薛志勤、康君立潜入长安，焚烧贼军的物资储备，斩杀俘获贼兵后返回，贼军内部大为恐慌。
朝廷任命淮南押牙、合肥人杨行愍为庐州刺史。杨行愍原本是庐州牙将，勇猛善战，屡立战功，都将嫉妒他，禀报刺史郎幼复，派遣他出城戍守。杨行愍前去辞行时，都将用好话安抚他，询问他有什么需求，杨行愍说：“我只需要你的头颅！”随即起身斩杀都将，兼并其部众，自称八营都知兵马使。郎幼复无力遏制，便向高骈举荐杨行愍，请求让他接替自己的职位。高骈任命杨行愍为淮南押牙，掌管庐州事务，朝廷顺势正式任命他。杨行愍听说州人王勖贤能，派人召见，想要任用他，王勖坚决推辞。杨行愍询问他子弟的情况，王勖说：“我的儿子王潜，勤奋好学、谨慎周密，可以委派事务；侄子王稔，有气节操守，可以担任将领。”杨行愍便召王潜进入幕府，任命王稔和定远人季章为骑将。当初，吕用之通过左骁雄军使俞公楚得以拜见高骈。吕用之专横跋扈，有人因此责怪俞公楚，俞公楚多次告诫吕用之要收敛锋芒，不要连累自己，吕用之怀恨在心。右骁雄军使姚归礼性情耿直、敢于直言，尤其憎恶吕用之的所作所为，时常当面数落他的罪状，还常常想要亲手杀死他。癸未日夜间，吕用之与同党在娼妓家中聚会，姚归礼暗中派人焚烧房舍，杀死几个相貌与吕用之相似的人，吕用之更换衣服才得以幸免。第二天清晨，吕用之彻底追查此事，抓获纵火的人，都是骁雄军的士兵。吕用之于是日夜在高骈面前诬陷俞公楚、姚归礼两位将军。没过多久，高骈派遣二人率领三千骁雄军士兵前往慎县袭击贼军，吕用之暗中告诉杨行愍说：“俞公楚、姚归礼打算袭击庐州。”杨行愍调发军队突然袭击，俞、姚二人毫无防备，全军覆没，杨行愍向高骈上报，声称二人图谋叛乱。高骈不知道这是吕用之的阴谋，重重奖赏了杨行愍。
己丑日，朝廷任命河中行营招讨副使朱全忠为宣武节度使，等收复长安后，命他赶赴镇所。
癸巳日，李克用等人攻克华州，黄揆弃城逃走。刘汉宏分兵屯驻黄岭、岩下、贞女三座营镇，钱镠率领八都士兵从富春出兵攻打，攻破黄岭，生擒岩下镇将史弁、贞女镇将杨元宗。刘汉宏率领精锐士兵屯驻诸暨，钱镠又率军击败他，刘汉宏逃走。
庄梦蝶与韩秀升、屈行从交战，再次战败。败兵溃乱奔逃，沿途的人百般劝慰，仍无法遏制。败兵在路上遇到高仁厚，高仁厚大声呵斥，溃兵当即停止奔逃。高仁厚斩杀一名都虞候，下令整顿队伍。随后召集当地年长者，询问山川路径和贼军营寨的位置，高兴地说：“贼军的精锐部队都在船上，让老弱残兵守卫营寨，物资粮草都囤积在寨中，这正是所谓的重视作战、轻视防守，他们必定会失败！”于是在江面上陈列军队，摆出准备渡江的架势。贼军日夜防备，派兵前来挑战，高仁厚坚守不出，暗中派遣一千名勇士手持兵器、背着柴草，趁夜色从小路袭击贼军营寨，纵火焚烧。贼军望见火光，分兵回援却为时已晚，物资粮草全部被烧毁，军心已然动摇。高仁厚又招募擅长游泳的士兵凿穿贼军的船底，船只相继沉没，贼军往来慌乱，无法相互救援，高仁厚派遣士兵在要道拦截，并展开招降，贼军部众纷纷投降。韩秀升、屈行从见部众溃散，挥剑乱砍，想要阻止众人投降。众人愈发愤怒，一同将二人擒获，押送到高仁厚面前，高仁厚责问他们：“你们为什么要谋反？”韩秀升说：“自从大中皇帝驾崩，天下就再也没有公道可言，朝廷的法度纲纪全部崩坏。如今谋反的人，难道只有我韩秀升吗？是非成败都已注定，我们已是砧板上的鱼肉，任凭你们烹煮剁成肉酱罢了！”高仁厚面露凄然之色，下令给二人提供好的饮食，然后戴上刑具关押起来。夏季四月庚子日，高仁厚将二人押送到僖宗的行在，二人被斩首。
李克用与忠武将领庞从、河中将领白志迁等人率领军队率先进发，与黄巢的军队在渭南交战，一天之内三次交锋，都大获全胜。义成、义武等各路军队相继跟进，贼军全线溃败奔逃。甲辰日，李克用等人从光泰门攻入京城，黄巢奋力拼杀仍不能取胜，于是焚烧宫室后逃走。贼军战死和投降的人极多，官军却趁机大肆抢掠，与贼军的所作所为没有区别，长安的房舍和百姓所剩无几。黄巢从蓝田进入商山，在路上丢弃大量珍宝。官军争相抢夺珍宝，没有急于追击，贼军因此得以逃脱。
杨复光派遣使者向朝廷报捷，朝中百官入朝庆贺。僖宗下诏留下忠武等军两万人，委派大明宫留守王徽和京畿制置使田从异部署调度，负责守卫长安。五月，朝廷加封朱玫、李克用、东方逵为同平章事。将陕州升格为节度使镇，任命王重盈为节度使。又将延州建为保塞军，任命保大行军司马、延州刺史李孝恭为节度使。李克用时年二十八岁，在诸位将领中最为年轻，却击败黄巢、收复长安，功劳位居第一，兵力也最为强盛，各路将领都畏惧他。李克用一只眼睛略微偏小，当时的人称他为“独眼龙”。
僖宗下诏，因崔璆出身显贵、地位显赫，却担任黄巢的宰相长达三年，既不逃走也不隐藏，命人在他所在的地方将其斩首。
黄巢派遣麾下猛将孟楷率领一万人作为前锋，攻打蔡州，节度使秦宗权迎战失利。贼军进而围攻蔡州城，秦宗权于是向黄巢称臣，与他合兵一处。当初，黄巢占据长安时，陈州刺史宛丘人赵犨对身边的将佐说：“黄巢如果不在长安败亡，必定会向东逃窜，陈州正是他的必经之路。况且黄巢向来与忠武军结仇，我们不能不做好防备。”于是修缮城墙壕沟，整治铠甲兵器，囤积粮草；将六十里范围内，有资产粮食的百姓，全部迁入城中。又招募了许多勇猛的士兵，派他的弟弟赵昶、赵珝以及儿子赵麓、赵林分别统领。孟楷攻克蔡州后，移兵攻打陈州，驻军项城。赵犨先故意示弱，趁孟楷没有防备，率军发动袭击，几乎将贼军全歼，生擒孟楷，将其斩首。黄巢听说孟楷被杀，又惊又怒，率领全部部众屯驻溵水。六月，黄巢与秦宗权合兵围攻陈州，挖掘了五道壕沟，采用各种办法攻城。陈州城中的百姓极为恐慌，赵犨晓谕众人说：“忠武军向来以忠义勇敢着称，陈州的士兵号称精锐，何况我家世代享受陈州的俸禄，誓与陈州共存亡。男子汉应当在绝境中寻求生机，况且为国家献身而死，难道不比向贼寇称臣苟活更好吗！有敢提出异议的人，一律斩首！”赵犨多次率领精锐士兵打开城门，主动出击，击败贼军。黄巢更加愤怒，在陈州城北安营扎寨，修建宫室、设置百官，做长期围困的打算。当时民间没有粮食储备，贼军就抓捕百姓充当军粮，把活人扔进碓硙中舂捣，连骨头一起吃掉，还把储存粮食的地方称为“舂磨寨”。贼军放纵士兵四处抢掠，从河南府、许州、汝州、唐州、邓州、孟州、郑州、汴州、曹州、濮州、徐州、兖州等几十个州，都遭受了贼军的蹂躏。
当初，上蔡人刘谦担任岭南的小校，节度使韦宙赏识他的才能，把侄女嫁给他为妻。刘谦攻打各路盗贼，屡次立下战功，辛丑日，朝廷任命刘谦为封州刺史。
朝廷加封东川节度使杨师立为同平章事。
宣武节度使朱全忠率领麾下几百名士兵赶赴镇所，秋季七月丁卯日，抵达汴州。当时汴州、宋州接连遭遇饥荒，官府和百姓都穷困至极，城内骄横的士兵难以控制，城外又遭到强大贼寇的攻击，几乎每天都要交战，众人都心生畏惧，而朱全忠的斗志却愈发昂扬。朝廷下诏，因黄巢尚未平定，加封朱全忠为东北面都招讨使。
南诏派遣布燮杨奇肱前来迎娶公主。僖宗下诏让陈敬瑄给南诏回信，推辞说：“皇帝车驾外出巡幸，公主出嫁的礼仪和器物尚未准备齐全，等返回京城后，再送公主出嫁。”杨奇肱不肯听从，径直前往成都。
李克用从长安率军返回雁门，不久，朝廷颁下诏书，任命李克用为河东节度使，征召郑从谠前往僖宗的行在。李克用于是取道东道经过榆次，前往雁门探望父亲。不久，李克用在河东张贴告示，安抚军民说：“不要计较以往的恩怨，各自安心经营家业。”
左骁卫上将军杨复光在河中去世。杨复光为人慷慨，崇尚忠义，善于安抚士兵，军中为他痛哭了好几天，八都将鹿晏弘等人各自率领部众散去。田令孜向来畏惧忌惮杨复光，听说他去世，十分高兴，趁机排挤他的兄长枢密使杨复恭，将其调任为飞龙使。田令孜独揽大权，没有人敢与他抗衡，只有杨复恭屡次与他争论政事得失，因此田令孜憎恶他，杨复恭于是称病返回蓝田。
朝廷任命成德留后王镕、魏博留后乐行达、天平留后朱瑄为各自藩镇的节度使。
司徒、门下侍郎、同平章事郑畋，虽然身处颠沛流离之中，仍严格遵守朝廷的法度。田令孜为判官吴圆谋求郎官的职位，郑畋没有答应；陈敬瑄想要地位在宰相之上，郑畋依据旧例，认为节度使的品级俸禄虽然很高，但地位都在宰相之下，坚决反对；田令孜和陈敬瑄于是指使凤翔节度使李昌言上奏说：“军中人心猜忌，不能让郑畋跟随皇帝车驾经过这里。”郑畋也多次上表请求辞去相位，朝廷于是罢免他的宰相职务，任命为太子太保，又任命他的儿子兵部侍郎郑凝绩为彭州刺史，让他前去侍奉郑畋。朝廷任命兵部尚书、判度支裴澈为中书侍郎、同平章事。
八月甲辰日，李克用抵达晋阳，朝廷下诏任命前振武节度使李国昌为代北节度使，镇守代州。
朝廷将湖南升格为钦化军，任命观察使闵勖为节度使。
九月，朝廷加封陈敬瑄兼中书令，进爵为颍川郡王。
感化节度使时溥率军屯驻溵水；朝廷加封时溥为东面兵马都统。
朝廷任命荆南留后陈儒为节度使。
昭义节度使孟方立，认为潞州地势险要、百姓剽悍，屡次发生篡杀主帅的事情，想要逐渐削弱潞州的势力，于是将昭义军的治所迁移到邢州，把大将的家属和富豪人家都迁徙到太行山以东，潞州的百姓十分不满。监军祁审诲趁着人心不稳，派武乡镇使安居受暗中用蜡丸封藏书信，向李克用请求援兵，希望将昭义军的军府迁回潞州。冬季十月，李克用派遣部将贺公雅等人率军前往潞州，被孟方立击败；又派遣李克修率军攻打，辛亥日，攻克潞州，斩杀潞州刺史李殷锐。此后，李克用每年都出兵争夺太行山以东的邢、洺、磁三州，三州的百姓有一半被俘获或杀害，田野里再也没有庄稼生长。
朝廷册封同宗女子为安化长公主，嫁给南诏王。
刘汉宏率领十几万部众从西陵出兵，准备攻打董昌；戊午日，钱镠率军渡过钱塘江迎战，大败刘汉宏，刘汉宏更换衣服、手持鱼刀才得以逃脱。己未日，刘汉宏收拢残余部众四万人，再次与钱镠交战，钱镠又将他击败，斩杀他的弟弟刘汉容以及部将辛约。
十一月甲子朔日，秦宗权率军围攻许州。
忠武大将鹿晏弘率领部众从河中向南抢掠襄州、邓州、金州、洋州，所过之处烧杀抢掠，一片焦土，鹿晏弘声称要向西赶赴僖宗的行在。十二月，鹿晏弘率军抵达兴元，驱逐节度使牛勖，牛勖逃奔龙州西山。鹿晏弘占据兴元，自称留后。
感化节度使时溥在食物中中毒，怀疑是判官李凝古所为，于是杀死李凝古。李凝古的父亲李损，担任右散骑常侍，当时在成都，时溥上奏说李凝古与他的父亲合谋下毒。田令孜收受了时溥的贿赂，下令御史台审理此案。侍御史王华为李损申辩冤屈，田令孜假传诏令，将李损转移到神策军监狱关押，王华拒不执行。萧遘上奏说：“李凝古投毒一事，事实模糊不清，他已经被时溥杀死，李损与儿子分别多年，连音信都不通，怎么能诬陷他们合谋呢！时溥依仗功劳践踏国法，欺凌蔑视朝廷，想要杀害天子的侍臣；如果顺从他的欲望，接下来就会轮到我们这些人，朝廷还凭什么立足！”因此李损得以幸免一死，被遣返回乡。当时田令孜独揽大权，朝中大臣没有人敢正视他，只有萧遘屡次与他争辩，朝廷都倚仗他。
朝廷将浙东升格为义胜军，任命刘汉宏为节度使。
赵犨派人从小路向邻近的藩镇求救，于是周岌、时溥、朱全忠都率领军队前往救援。朱全忠与黄巢的部众在鹿邑交战，击败贼军，斩杀两千多人，于是率军进入亳州并占据此地。
唐僖宗中和四年，公元884年
春季正月，朝廷任命鹿晏弘为兴元留后。
朝廷赏赐魏博节度使乐行达姓名为乐彦祯。
东川节度使杨师立因陈敬瑄兄弟权势恩宠过于显赫，心中愤愤不平。陈敬瑄派遣高仁厚讨伐韩秀升的时候，曾对他说：“等你凯旋归来，我就上奏天子，把东川节度使的职位奖赏给你。”杨师立听说这件事后，愤怒地说：“我们彼此都是藩镇，他却擅自把我的疆土许诺给别人，简直是目无天地！”田令孜担心杨师立发动叛乱，就趁着他没有派兵阻击贼军的机会，征召杨师立入朝担任右仆射。
黄巢的兵力依然强盛，周岌、时溥、朱全忠无力支撑，一同向河东节度使李克用求救。二月，李克用率领五万蕃、汉士兵从天井关出兵，河阳节度使诸葛爽以河桥尚未修好为由推辞，率军屯驻万善进行抵御。李克用于是率军退回，从陕州、河中渡过黄河向东进军。
杨师立接到诏书后，勃然大怒，拒不接受调任，杀死朝廷派来的官告使和监军使，起兵叛乱，以讨伐陈敬瑄为名，有大将劝谏就被他处死，杨师立率军进驻涪城，派遣部将郝蠲袭击绵州，未能攻克。丙午日，朝廷任命陈敬瑄为西川、东川、山南西道都指挥、招讨、安抚、处置等使。三月甲子日，杨师立向僖宗行在的百官和各道的将吏百姓发布檄文，列举陈敬瑄的十条罪状，自称集结了本道的将士和八州的坛丁共十五万人，将长驱直入，讨伐陈敬瑄。朝廷下诏削夺杨师立的官爵，任命眉州防御使高仁厚为东川留后，率领五千士兵讨伐杨师立，任命西川押牙杨茂言为行军副使。
朱全忠攻打黄巢的瓦子寨，攻克该寨；黄巢的部将陕州人李唐宾、楚丘人王虔裕向朱全忠投降。
婺州人王镇捉拿刺史黄碣，向钱镠投降。刘汉宏派遣部将娄赉杀死王镇，取而代之，浦阳镇将蒋环召来钱镠的军队，一同攻打婺州，生擒娄赉后返回。黄碣是闽地人。
高骈的侄子左骁卫大将军高澞，罗列了吕用之的二十多条罪状，写成文书，秘密呈递给高骈，并且哭着说：“吕用之在内假借神仙之说，迷惑您的视听；在外窃取节度使的权力，残害百姓；将领们都惧怕被杀，没有人敢直言进谏。时间一天天过去，吕用之的羽翼将要丰满，如果不除掉他，恐怕高家世代的功勋，会在一朝之间化为乌有！”说完便呜咽不止，难以自已。高骈说：“你喝醉了吗！”命人将他搀扶出去。第二天，高骈把高澞的奏状拿给吕用之看，吕用之说：“高澞曾经因为手头拮据向我求助，我没有答应他，所以他才心怀怨恨。”随即拿出高澞亲笔写的几封求助书信呈给高骈。高骈看后十分惭愧，于是禁止高澞出入府门；过了一个多月，任命高澞为舒州刺史。盗贼首领陈儒攻打舒州，高澞向庐州求救。杨行愍兵力不足，无法救援，便与部将李神福商议对策，李神福请求不用一兵一卒就能赶走盗贼。于是李神福携带许多旗帜，从小路进入舒州，没过多久，率领舒州的士兵打着庐州的旗帜出城，指点比划地形，好像在部署大阵势一样；盗贼见状心生畏惧，连夜逃走。李神福是洺州人。过了一段时间，盗贼首领吴迥、李本再次攻打舒州，高澞无力坚守，弃城逃走，高骈派人追上高澞，将他杀死。杨行愍派遣部将合肥人陶雅、清流人张训等人率军攻打吴迥、李本，将二人擒获斩首，任命陶雅代理舒州刺史。秦宗权派遣他的弟弟率军侵扰庐州，占据舒城，杨行愍派遣部将合肥人田頵率军将其击退。
前杭州刺史路审中客居黄州，听说鄂州刺史崔绍去世，招募了三千士兵，进入鄂州并占据该城。武昌牙将杜洪也驱逐岳州刺史，取而代之。
黄巢围攻陈州将近三百天，赵犨兄弟与贼军大小数百战，虽然城中的兵力和粮草即将耗尽，但军心却愈发稳固。李克用会同许州、汴州、徐州、兖州的军队前往陈州救援。当时尚让率军屯驻太康，夏季四月癸巳日，各路官军进军攻克太康。黄思邺率军屯驻西华，各路官军又前去攻打。黄思邺逃走。黄巢听说后十分恐惧，率军退守故阳里，陈州的包围才得以解除。
朱全忠听说黄巢即将到来，便率领军队返回大梁。五月癸亥日，天降大雨，平地积水三尺，黄巢的营寨被大水淹没，又听说李克用即将率军赶到，于是率领部众向东北方向直奔汴州，屠戮尉氏县。尚让率领五千精锐骑兵逼近大梁，抵达繁台，宣武将领丰县人朱珍、南华县人庞师古率军将其击退。朱全忠再次向李克用告急。丙寅日，李克用与忠武都监使田从异从许州出兵，戊辰日，在中牟北面的王满渡追上黄巢，趁贼军正在渡河、队伍半渡之时，发动猛烈攻击，大破贼军，斩杀一万多人，贼军就此溃散。尚让率领部众向时溥投降，其他将领临晋人李谠、曲周人霍存、甄城人葛从周、冤句人张归霸以及他的堂弟张归厚率领部众向朱全忠投降。黄巢率军渡过汴河向北逃窜，己巳日，李克用在封丘追上黄巢，再次击败他。庚午日夜间，又下起大雨，贼军惊慌失措，向东逃窜，李克用率军追击，经过胙城、匡城。黄巢收拢残余部众将近一千人，向东逃往兖州。辛未日，李克用追击到冤句，身边能跟上的骑兵才几百人，昼夜兼程二百多里，人马都疲惫不堪，粮草也已耗尽，于是返回汴州，打算携带粮草再次追击，此战俘获了黄巢的幼子以及皇帝的车驾仪仗、服饰、兵符、印玺，还救出被贼军抢掠的男女一万人，全部释放。
癸酉日，高仁厚率军屯驻德阳，杨师立派遣部将郑君雄、张士安占据鹿头关抵御官军。
甲戌日，李克用抵达汴州，率军屯驻在城外，朱全忠坚决邀请他入城，安排在上源驿住宿。朱全忠为李克用摆设酒宴，安排歌舞乐伎，酒食器具都十分精美丰盛，礼节也极为恭敬。李克用乘着酒意意气用事，言语中多有冒犯，朱全忠心中愤愤不平。傍晚时分，酒宴结束，李克用的随从都酩酊大醉，宣武将领杨彦洪暗中与朱全忠谋划，用连在一起的车辆和树立的栅栏堵塞街道，派兵包围上源驿，发动攻击，喊杀声震天动地。李克用醉得不省人事，没有听到外面的动静；亲兵薛志勤、史敬思等十几人奋力格斗，侍奉李克用的仆人郭景铢吹灭蜡烛，搀扶李克用藏到床底下，用水浇醒他，缓缓告知外面发生的变故，李克用这才睁开眼睛，拿起弓箭起身。薛志勤射杀汴州士兵，打死几十人。片刻之间，烟火四起，恰逢天降大雨、雷电交加，天地间一片昏暗，薛志勤搀扶着李克用，率领身边的几个人，翻越城墙突围而出，借着闪电的光亮前行。汴州士兵扼守桥梁，李克用等人奋力拼杀才得以渡过，史敬思留下来断后，战死沙场。李克用登上尉氏门，用绳子缒下城墙逃出城外，监军陈景思等三百多人，都被汴州士兵杀死。杨彦洪对朱全忠说：“沙陀人情急之下就会骑马逃跑，见到骑马的人就射箭。”当天夜里，杨彦洪恰巧骑马走在朱全忠前面，朱全忠射箭，将他射死。
李克用的妻子刘氏，足智多谋，先逃脱返回的手下把汴州兵变的事情告诉她，刘氏神色镇定，当即下令将报信的人斩首，暗中召集大将们，部署号令，谋划如何保全军队返回。等到天亮，李克用回到军中，想要率领军队攻打朱全忠，刘氏说：“你近来为国家讨伐贼寇，解救东面各路藩镇的危急，如今汴州人不守道义，竟然图谋杀害你，自然应当向朝廷申诉。如果擅自发兵攻打，那么天下人谁能分辨其中的是非曲直！况且这样一来，朱全忠就有了辩解的借口。”李克用听从了刘氏的建议，率领军队离去，只是写信斥责朱全忠。朱全忠回信说：“前天晚上的变故，我并不知情，是朝廷自己派遣使者与杨彦洪合谋，杨彦洪已经伏法认罪，希望你能谅解。”
李克用的养子李嗣源，年仅十七岁，跟随李克用上源驿突围，在箭林石雨之中，唯独他没有受伤。李嗣源原本是胡人，名叫邈佶烈，没有姓氏。李克用挑选军中勇猛善战的士兵，大多收为养子，把回鹘人张政的儿子取名为李存信，振武人孙重进取名为李存进，许州人王贤取名为李存贤，安敬思取名为李存孝，他们都冒姓李。丙子日，李克用抵达许州旧时的营寨，向周岌请求粮草，周岌以粮草匮乏为由推辞，李克用于是从陕州渡过黄河返回晋阳。
郑君雄、张士安坚守营寨不出战，高仁厚说：“强攻的话，对方占据优势，我方会蒙受损失；围困的话，对方会陷入困境，我方则安逸从容。”于是布置十二座营寨，将鹿头关团团围住。丁丑日夜间二更时分，郑君雄等人派出精锐士兵，突然袭击城北的副使营寨，杨茂言无力抵御，率领部众弃寨逃走，旁边的几座营寨见副使逃走，也相继溃逃。东川军合力向南攻打中军大营，高仁厚听说变故后，下令大开营寨门，设置火把照亮四周，亲自率领士兵在道路两侧埋伏。贼军抵达后，见营门大开，不敢进入，只好撤退。高仁厚下令伏兵出击，东川军大败奔逃，官军追击到城下，将贼军逼入壕沟之中，斩杀和俘获大量贼兵后返回。高仁厚考虑到那些弃寨逃走的士兵，第二天早上应当会有很多人被处死，于是秘密召见孔目官张韶，吩咐他说：“你赶快派遣几十名步兵探子，分路追赶逃走的士兵，用你的口吻晓谕他们说：‘仆射幸好没有出寨，对你们溃逃的事情都不知情，你们赶紧返回营寨，明天早上像往常一样到衙门参拜，不用担心会被治罪。’”张韶向来以忠厚长者闻名，众人都信任他，到了四更时分，溃逃的士兵都返回了营寨；只有杨茂言逃到张把，才被追上。高仁厚听到各营寨的更鼓声和往常一样，高兴地说：“所有人都回来了！”第二天早上，将领们都到衙门集合，以为高仁厚真的不知道溃逃的事情，坐了很久，高仁厚对杨茂言说：“昨天夜里听说副使身先士卒，逃到了张把，有这回事吗？”杨茂言回答说：“昨天夜里听说贼军攻打中军大营，身边的人说仆射已经撤离，于是我才骑马前去追随，不久之后查明这是谣言，就又返回了营寨。”高仁厚说：“我和副使一同接受天子的任命，率领军队讨伐贼寇，如果我先逃走，副使应当呵斥我下马，以军法处置，然后代替我总管军中事务，再上奏朝廷。如今副使既已率先逃走，又满口谎言，欺骗朝廷，按道理应当如何处置？”杨茂言拱手说：“罪该处死。”高仁厚说：“确实如此！”命身边的人将杨茂言扶下去斩首，众将都吓得两腿发抖。高仁厚又召来昨天夜里俘虏的几十名东川士兵，解开他们的绑缚，释放他们返回贼寨。郑君雄等人听说后，十分畏惧，说：“官军的军法如此严明整肃，从今以后，我们再也不能出兵交战了！”
庚辰日，时溥派遣部将李师悦率领一万士兵追击黄巢。
癸未日，高仁厚在鹿头关城下摆开阵势，郑君雄等人率领全部部众出战。高仁厚在阵地后方设下伏兵，假装战败逃走。郑君雄等人率军追击，伏兵突然杀出，郑君雄等人惨遭大败。当天夜里，郑君雄等人逃回梓州。陈敬瑄派遣三千士兵增援高仁厚的军队，高仁厚率军进军围攻梓州。
六月壬辰日，东川留后高仁厚上奏朝廷，称郑君雄斩杀杨师立后献城投降。高仁厚率军围攻梓州许久未能攻克，于是写了一封劝降信，用箭射入城中，向城中的将士晓谕说：“我不忍心让城中的良民与叛贼一同化为灰烬，特意为各位暂缓攻城十天，让你们能亲手完成诛杀叛贼的功业。如果十天之内不献上杨师立的首级，我就将现有兵力分为五轮，轮番昼夜攻城，这样我军会十分安逸，而你们必定陷入困顿。要是五天之后仍不能攻克，我军就从四面一同进军，破城是必然的事情。请各位好好考虑！”过了几天，郑君雄在军中大声呼喊说：“天子要诛杀的只是首恶分子罢了，其他人都没有牵连！”众人高呼万岁，呐喊着冲进府衙，杨师立自杀身亡，郑君雄提着他的首级出城投降。高仁厚将杨师立的首级及其妻子儿女押送到僖宗的行在，陈敬瑄下令将杨师立的儿子钉在成都城北的墙壁上。陈敬瑄的三个儿子出城观看，被钉的人高声呼喊说：“这件事很快就会轮到你们，你们以后等着认领自己的下场吧！”陈敬瑄的三个儿子吓得骑马飞奔而回。朝廷任命高仁厚为东川节度使。
甲辰日，武宁将领李师悦与尚让率军追击黄巢，抵达瑕丘，击败黄巢的残部。黄巢的部众几乎损失殆尽，逃到狼虎谷。丙午日，黄巢的外甥林言斩杀黄巢及其兄弟、妻子儿女的首级，准备前往时溥处献功，途中遭遇沙陀博野军，首级被夺走，沙陀军还斩杀了林言，将他的首级一并献给时溥。
蔡州节度使秦宗权放纵士兵四处出击，侵吞蚕食邻近的藩镇。天平节度使朱瑄拥有三万部众，他的堂弟朱瑾，勇猛果敢，在军中无人能及。宣武节度使朱全忠遭到秦宗权的攻打，形势十分窘迫，向朱瑄求救，朱瑄派遣朱瑾率领军队前往救援，在合乡击败秦宗权。朱全忠感激朱瑄的恩德，与他结为兄弟。
秋季七月壬午日，时溥派遣使者献上黄巢及其家人的首级以及姬妾，僖宗亲临大玄楼接受献俘。僖宗责问黄巢的姬妾说：“你们都是功勋贵族的女子，世代蒙受国家的恩德，为什么要追随叛贼？”站在最前面的女子回答说：“叛贼狂妄凶暴，朝廷拥有百万大军，却失守宗庙，被迫迁徙到巴蜀之地；如今陛下不责备那些不能抵御叛贼的公卿将帅，反而来责罚我们这些女子，把那些公卿将帅置于何地呢！”僖宗不再追问，下令将这些姬妾全部在街市斩首。人们争相给她们递酒，其他姬妾都悲痛恐惧，喝得酩酊大醉，唯独站在最前面的那个女子既不饮酒也不哭泣，直到行刑的时候，神色依旧镇定自若。
朱全忠率军攻打秦宗权，在溵水击败秦宗权。
李克用回到晋阳，大力整治铠甲兵器，派遣榆次镇将、雁门人李承嗣携带奏表前往僖宗的行在，亲自陈述说：“臣立下击破黄巢的大功，却遭到朱全忠的图谋暗算，勉强才得以脱身，部下将佐及随从的三百多人，连同牌印都丢失，没能带回。朱全忠还在东都、陕州、孟州张贴告示，谎称臣已经战死，行营的军队已经溃散，命令各地拦截围剿臣的残部，务必赶尽杀绝，将士们都哭诉自己的冤屈，请求讨伐朱全忠。臣认为朝廷最为公正，应当等候朝廷的诏令，所以安抚约束部下，返回本道。恳请陛下派遣使者调查此事，发兵讨伐朱全忠，臣已派遣弟弟李克勤率领一万骑兵在河中待命。”当时朝廷因为刚刚平定大寇，正致力于姑息迁就藩镇，接到李克用的奏表后，十分恐慌，只派遣宦官携带褒奖的诏书前去劝解二人和解。李克用前后总共呈上八次奏表，声称：“朱全忠嫉妒功臣、嫉贤妒能，为人阴险狡诈，是祸害国家的奸贼，他日必定会成为国家的祸患。恳请陛下下诏削夺他的官爵，臣亲自率领本道军队讨伐他，不需要朝廷从国库调拨粮饷。”僖宗多次派遣杨复恭等人传达旨意，说：“我深知你的冤屈，如今正是多事之秋，姑且顾全大局吧。”李克用始终郁郁寡欢，心怀不平。当时藩镇之间相互攻伐，朝廷不再为他们分辨是非曲直。从此藩镇之间互相吞并，只看兵力强弱，完全没有了对朝廷的敬畏之心。
八月，李克用上奏朝廷，请求将麟州划归河东管辖，又奏请任命弟弟李克修为昭义节度使，朝廷都予以准许。从此昭义军分为两个藩镇，朝廷晋升李克用的爵位为陇西郡王。李克用奏请撤销云蔚防御使，将其依旧划归河东管辖，朝廷依从了他的请求。
九月己未日，朝廷加封朱全忠为同平章事。
朝廷任命右仆射、大明宫留守王徽兼管京兆尹事务。僖宗因为长安的宫室被烧毁，所以长期留在蜀地，没有返回京城。王徽招抚流亡失散的百姓，百姓逐渐返回长安，王徽又修缮整治宫室，朝廷的各个部门也大致恢复了秩序。冬季十月，关东的藩镇纷纷上表，请求僖宗返回京城长安。
朱全忠归降朝廷的时候，义成节度使王铎担任都统，秉承皇帝旨意任命官员。朱全忠最初镇守大梁时，侍奉王铎的礼节十分恭敬，依靠王铎作为自己的外援。后来朱全忠的兵力逐渐强盛，态度也愈发骄横傲慢，王铎知道他不足以依靠，便上表请求返回朝廷，朝廷于是调任王铎为义昌节度使。
鹿晏弘离开河中时，王建、韩建、张造、晋晖、李师泰各自率领部众跟随他；等到鹿晏弘占据兴元后，任命王建等人担任巡内刺史，却不让他们前往任所。鹿晏弘生性多疑猜忌，军心离散，众人都不肯归附。王建、韩建向来关系亲密友善，鹿晏弘尤其猜忌他们，多次把他们召到卧室之中，表面上对他们更加优厚。王建、韩建暗中商议说：“仆射表面上对我们甜言蜜语、优待有加，实际上是在猜忌我们，灾祸很快就要降临了！”田令孜秘密派人用丰厚的利益引诱他们，十一月，王建、韩建与张造、晋晖、李师泰率领几千部众逃奔僖宗的行在。田令孜将他们都收为养子，赏赐给他们巨额的财物，任命他们为各卫将军，让他们分别率领自己的部众，号称“随驾五都”。朝廷又派遣禁军讨伐鹿晏弘，鹿晏弘率领部众放弃兴元逃走。
当初，宦官曹知悫原本是华原的富家子弟，有胆识和谋略。黄巢攻陷长安后，曹知悫回到家乡，召集勇猛的壮士，占据嵯峨山以南的地区，修筑营堡固守，黄巢的党羽不敢靠近。曹知悫多次派遣壮士更换衣服和言语，假扮成黄巢的党羽，在夜间潜入长安，袭击贼军的营寨，贼军惊恐不已，以为是鬼神作祟；又怀疑部下有人叛变，从此内心惶恐不安。朝廷听说后，嘉奖曹知悫的功劳，就地任命他为内常侍，赏赐给他金鱼袋和紫色官服。曹知悫听说僖宗即将返回京城，对人说：“我略施小计，让各路官军得以成就大功，那些跟随车驾的文武百官，只是平平安安地往来奔波。等皇帝的车驾到了大散关，我要查验一番，把那些应该留下的人收纳下来。”僖宗行在的人听说后，担心曹知悫发动兵变；田令孜尤其憎恶他，秘密以皇帝的敕旨晓谕邠宁节度使王行瑜，让他诛杀曹知悫。王行瑜暗中率领军队从嵯峨山北面，居高临下发动进攻，曹知悫毫无防备，整个营寨的人都被杀死。田令孜从此更加骄横专权，挟制天子，不让僖宗有任何自主决断的权力。僖宗对他的专权深为忧虑，时常对身边的人说起，痛哭流涕。
鹿晏弘率领军队向东出兵襄州，秦宗权派遣部将秦诰、赵德諲率军与他会合，一同攻打襄州，攻克该城；山南东道节度使刘巨容逃奔成都。赵德諲是蔡州人。鹿晏弘率领军队转而抢掠襄州、邓州、均州、房州、庐州、寿州，然后又返回许州。忠武节度使周岌听说鹿晏弘到来，放弃镇所逃走，鹿晏弘于是占据许州，自称留后，朝廷无力讨伐，只好任命他为忠武节度使。
十二月己丑日，陈敬瑄上表请求辞去三川都指挥、招讨、制置、安抚等使的职务，朝廷予以准许。
当初，黄巢辗转抢掠福建时，建州人陈岩聚集几千人保卫家乡，号称“九龙军”，福建观察使郑镒上奏朝廷，任命他为团练副使。泉州刺史、左厢都虞候李连犯了罪，逃入溪洞之中，聚集部众攻打福州，陈岩率军击败李连。郑镒畏惧陈岩的威逼，上表请求让陈岩接替自己的职位。壬寅日，朝廷任命陈岩为福建观察使。陈岩治理地方恩威并施，闽地的百姓安居乐业。
义昌节度使兼中书令王铎，生活十分奢侈，他经过魏州时，侍从的姬妾排成队列，服饰和车马器用都鲜艳华丽，就像天下太平的时代一样。魏博节度使乐彦祯的儿子乐从训，在漳南高鸡泊埋伏了几百名士兵，将王铎一行包围并杀死，连同王铎的宾客幕僚和随从三百多人全部遇害，乐从训抢掠了王铎的财物和姬妾后返回。乐彦祯上奏朝廷，声称王铎是被强盗杀害的，朝廷也没有能力追查。
朝廷赏赐邠宁军的军号为“静难”。
这一年，余杭镇使陈晟驱逐睦州刺史柳超，颍州都知兵马使、汝阴人王敬荛驱逐本州刺史，二人分别执掌州中事务，朝廷于是顺势任命他们为刺史。
均州贼寇首领孙喜聚集几千人，谋划攻打均州城，刺史吕烨束手无策。都将、武当人冯行袭在汉江以南设下伏兵，自己乘坐小船前去迎接孙喜，对他说：“均州的百姓得到贤明的长官，没有不归顺的，但是您率领的士兵太多，州里的百姓担心遭到抢掠，尚且心存疑虑。不如将大军安置在汉江以北，您只带领亲信的轻骑兵一同进城，我请求作为向导，晓谕州里的百姓，没有人会不顺服。”孙喜认为冯行袭说得对，听从了他的建议；渡过汉江之后，州里的官吏前来迎接拜见，伏兵突然杀出，冯行袭亲手攻击孙喜，将他斩杀，跟随孙喜的人也全部被杀死，汉江以北的贼军望见这种情形，全部溃散。山南东道节度使上奏冯行袭的功劳，朝廷下诏任命冯行袭为均州刺史。均州城西有一座长山，正处在襄州、邓州进入蜀地的要道上，群盗占据此地，抢劫掠夺上缴朝廷的贡赋，冯行袭率军讨伐，将群盗全部诛杀，蜀地的通道因此得以畅通。
凤翔节度使李昌言患病，他的表弟李昌符执掌留后事务。李昌言去世后，朝廷颁布诏令，任命李昌符为凤翔节度使。
当时黄巢虽然已经被平定，但秦宗权的势力再次猖獗起来，他命令部将出兵，侵扰抢掠邻近的藩镇。陈彦进犯淮南，秦贤进犯江南，秦诰攻陷襄州、唐州、邓州，孙儒攻陷东都、孟州、陕州、虢州，张晊攻陷汝州、郑州，卢瑭攻打汴州、宋州，他们所到之处，烧杀抢掠，屠戮殆尽，几乎没有留下幸存者。秦宗权的残暴程度比黄巢还要厉害，军队出征从来不带粮草，用车子装载着腌制的尸体跟随。北到卫州、滑州，西到关中地区，东到青州、齐州，南到江淮地区，幸存的州镇仅仅能守住一座城池，放眼千里，再也看不到炊烟。僖宗将要返回长安，却畏惧秦宗权带来的祸患。