大中十二年，公元858年春季，正月，朝廷任命康王傅、分司东都的王式为安南都护、经略使。王式有才干谋略，抵达交趾后，用芀木建造营寨栅栏，坚固得可以支撑数十年；在栅栏外挖掘深沟，排泄城中积水，沟外栽种竹子，敌军难以进犯；他还挑选士兵加以训练，部队作战十分勇猛。不久，南蛮大举来犯，屯兵于锦田步，距离交趾只有半天的路程。王式神色安闲，派遣翻译前去劝谕，言语切中敌军要害，南蛮军队连夜撤退，还派人前来道歉说：“我们只是来捉拿叛乱的獠人，并非要侵犯唐朝边境。”安南都校罗行恭长期独揽府中政务，麾下有两千精兵，而都护府的中军只有几百名老弱士兵。王式到任后，下令杖打罗行恭的脊背，将他贬黜到边境戍守。
当初，户部侍郎、判度支刘瑑担任翰林学士时，就深受宣宗器重。此时他正担任河东节度使，宣宗亲手写下诏书征召他入朝。刘瑑接到诏书后，立即上奏请求从河东出发，朝廷外的人这才知道这件事。正月二十五日，朝廷任命刘瑑为同平章事。刘瑑是刘仁轨的五世孙。刘瑑与崔慎由在宣宗面前商议政事，崔慎由说：“治理国家，应当甄别官员的门第品级，以此略微报答陛下的知遇之恩。”刘瑑反驳道：“从前王衍崇尚浮华虚无，随意划分士族品级，最终导致中原地区沦为废墟。如今正值政治清明的盛世，应当依据官员的实际才能授予相应职务，使其各司其职；如果把甄别门第品级放在首位，臣无法预见天下大治的那一天。”崔慎由无言以对。轩辕集抵达长安后，宣宗召他入宫，问道：“长生不老之术可以学到吗？”轩辕集回答说：“君王只要摒弃欲望，崇尚德行，自然会蒙受上天赐予的长久福分，哪里还需要再去寻求长生不老呢？”轩辕集在宫中逗留了几个月，坚决请求返回罗浮山，宣宗最终同意放他回去。
二月初一，朝廷下令取消公卿大臣朝拜光陵的礼仪，以及在唐穆宗忌日到寺庙烧香的活动，将所有守陵宫人全部迁往其他皇陵。
二月初五，朝廷任命中书侍郎、同平章事崔慎由为东川节度使。
宣宗想要登上城楼颁布大赦令，令狐綯进言说：“登楼大赦耗费巨大，必须要有正当理由，而且大赦诏令不能频繁颁布。”宣宗听后很不高兴，说：“你让朕找什么理由才合适！”崔慎由说：“陛下至今尚未册立太子，天下百姓都在期盼。如果举行册立太子的大典，就算是举行郊祀大典都可以，更何况是登楼大赦呢！”当时宣宗正在服用方士炼制的丹药，已经出现烦躁口渴的症状，但朝廷外的人并不知道这件事，宣宗的疑心和猜忌正日渐深重，听到崔慎由的话后，低下头不再言语。十天后，崔慎由就被罢免了宰相职务。
勃海王李彝震去世。二月二十日，朝廷立他的弟弟李虔晃为勃海王。
夏季，四月，朝廷任命右街使、驸马都尉刘异为邠宁节度使。刘异娶了安平公主为妻，安平公主是宣宗的妹妹。
四月初八，岭南都将王令寰发动叛乱，囚禁了节度使杨发。
四月十六日，朝廷任命兵部侍郎、盐铁转运使夏侯孜为同平章事。
五月初四，工部尚书、同平章事刘瑑去世。刘瑑病重期间，还亲手撰写奏疏议论朝政，宣宗对他的离世深感惋惜。
朝廷任命右金吾大将军李燧为岭南节度使，已经派宦官使者向他赐授节度使符节，给事中萧放却将任命诏书封还。当时宣宗正在欣赏奏乐，来不及另外召见宦官使者，就派伶人去追回符节，使者的符节刚送到李燧家门口就被追回了。萧放是萧俛的堂弟。五月十九日，朝廷任命泾原节度使李承勋为岭南节度使，调发相邻各道的军队讨伐叛军，最终将叛乱平定。
同一天，湖南发生军乱，都将石载顺等人驱逐了观察使韩悰，杀死都押牙王桂直。韩悰因为对待将士们不讲礼节，所以招致杀身之祸。
六月初五，江西发生军乱，都将毛鹤驱逐了观察使郑宪。
起初，安南都护李涿治理地方贪婪残暴，强行购买蛮族的牛马，一头牛或一匹马只给一斗盐作为报酬，还杀害了蛮族酋长杜存诚。蛮族各部心怀怨恨，于是引导南诏军队侵犯唐朝边境。峰州有个林西原，原本驻扎着六千名防御冬季敌军进犯的士兵，林西原附近有个七绾洞蛮，酋长名叫李由独，一直协助唐朝戍守边境，按时缴纳租税。掌管峰州事务的官员向李涿进言，请求撤销戍守士兵，将防御事务全权委托给李由独。从此李由独势单力薄，难以维持自身统治，南诏拓东节度使写信引诱他，把自己的外甥女嫁给李由独的儿子为妻，任命李由独为拓东押牙，李由独于是率领部众向南诏臣服。从这以后，安南地区开始频繁遭到蛮族侵扰。当月，蛮族军队进犯安南。
秋季，七月初五，宣州都将康全泰发动叛乱，驱逐了观察使郑薰。郑薰逃往扬州。
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七月初六，右补阙内供奉张潜上疏说：“藩镇节度使在调任交接的时候，都会上奏仓库中积蓄的财物数量，把盈余的财物多当作自己的政绩，朝廷也因此对他们加以表彰奖赏。臣私下认为，藩镇的财赋收入有固定的来源，如果不是加重赋税、克扣将士的衣粮俸禄，盈余的财物从哪里来呢！近来南方各镇多次发生动乱，都是这个原因。一旦发生兵变，积蓄的财物就会被洗劫一空；朝廷还要调兵遣将前去讨伐，耗费的军费是平时的百倍，这样一来朝廷最终能得到什么好处呢！恳请陛下从今以后，要求藩镇长官不得增加赋税，不得削减士兵的粮饷赏赐，只需要节省游玩宴饮的开支，裁减不必要的费用，能做到这些还能有财物盈余的人，再对他们进行奖赏。”宣宗对他的建议表示赞许并予以采纳。容管经略使上奏，称都虞候来正图谋叛乱，经略使宋涯将他逮捕处死。起初，忠武军的精锐士兵都头戴黄色头盔，号称黄头军。李承勋率领一百名黄头军平定了岭南叛乱，宋涯于是让麾下士兵效仿黄头军的装束，也平定了容州的动乱。安南有一批刁民，屡次发动叛乱，听说黄头军的威名后，惊慌失措地说：“黄头军渡海来攻打我们了！”于是他们连夜包围了交趾城，擂鼓呐喊道：“我们愿意送都护返回北方，这座城池我们要用来抵御黄头军。”当时王式正在吃饭，有人劝他出城躲避，王式说：“我只要一动，交趾城就会立刻陷落。”他慢慢吃完饭，身披铠甲，率领身边侍从登上城楼，竖起大将旗帜，端坐城楼斥责叛军，叛军见状纷纷掉头逃跑。第二天，王式将叛军全部逮捕处死。有个叫杜守澄的人，从南朝齐、梁时期就率领部众占据溪洞，朝廷一直无法制服他。王式用离间计挑拨他和亲信党羽的关系，杜守澄最终兵败逃亡，死在外地。安南地区接连遭遇饥荒和动乱，连续六年没有向朝廷缴纳赋税贡品，军中也没有钱物犒赏士兵。王式到任后，才开始重新向朝廷缴纳赋税贡品，犒赏将士。占城、真腊等国也重新派遣使者与唐朝通好。
淮南节度使崔铉上奏，称已经出兵讨伐宣州叛军。八月初四，朝廷任命崔铉兼任宣歙观察使。八月初九，朝廷任命宋州刺史温璋为宣州团练使。温璋是温造的儿子。
黄河南北、淮南地区发生严重水灾，徐州、泗州一带的洪水深达五丈，淹没了数万户人家。
冬季，十月，建州刺史于延陵入朝辞行，宣宗问他：“建州距离京城有多远？”于延陵回答说：“八千里。”宣宗说：“你到任之后，治理地方的好坏，朕都了如指掌，不要以为建州地方偏远。这里的台阶之前，就如同万里之遥，你明白吗？”于延陵吓得惊慌失措，语无伦次。宣宗安抚了他一番，然后打发他赴任。于延陵到任后，最终因政绩不佳被贬为复州司马。
令狐綯打算任命李远为杭州刺史，宣宗说：“朕听说李远写过这样一句诗：‘长日惟消一局棋’，这样的人怎么能治理好百姓呢！”令狐綯说：“诗人只是借这句话抒发闲适的心情罢了，未必真的如此。”宣宗说：“那就暂且让他去试试吧。”宣宗下诏规定，刺史职位出现空缺，不得由本地官员就地升任，必须让候选人前往京城，宣宗当面考察他们的才能，然后再正式任命。令狐綯曾经将自己的旧友调任为相邻州郡的刺史，让他直接从便道赴任，不必来京城朝见。宣宗看到这位官员的谢恩奏表后，就这件事询问令狐綯，令狐綯回答说：“因为他赴任的路途比较近，这样可以省去迎接送往的麻烦。”宣宗说：“朕因为刺史大多不称职，成为百姓的祸患，所以想要亲自召见每一位刺史，询问他们的施政方略，了解他们的优劣，以便进行升降任免。然而诏令已经颁布，你却直接搁置不用，宰相的权力真是让人畏惧啊！”当时天气正寒冷，令狐綯却吓得汗水浸透了厚厚的皮袍。
宣宗临朝听政时，接待应对群臣如同招待宾客一般礼遇有加，即使是身边的侍从近臣，也从未见过他有懈怠的神情。每当宰相上奏政事时，旁边没有一个人站立，宣宗的威严让人不敢抬头仰视。奏事结束后，宣宗会忽然神色怡然地说：“现在可以说些闲话了。”然后就询问民间的琐事，有时谈论宫中的游乐宴饮，无话不谈。大约过了一刻钟，宣宗又会神色严肃地说：“你们这些人要好好处理政务，朕常常担心你们辜负朕的期望，以后就再也没有机会相见了。”说完就起身回宫。令狐綯对人说：“我执掌朝政十年，最受皇上的恩宠礼遇；然而每次在延英殿奏事，没有一次不是汗流浃背的！”
起初，山南东道节度使徐商因为管辖的疆域地势险要、面积广阔，向来盗贼横行，于是挑选了几百名精兵，另外设置军营加以训练，号称捕盗将。等到湖南发生驱逐主帅的军乱，宣宗下诏命令徐商前去讨伐。徐商派遣两百名捕盗将前往湖南，平定了叛乱。
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崔铉上奏，称攻克宣州，斩杀康全泰及其党羽四百多人。
宣宗因为光禄卿韦宙的父亲韦丹在江西担任地方官时留下仁惠的政绩，于是任命韦宙为江西观察使，调发相邻各道的军队讨伐毛鹤。
崔铉因为宣州已经平定，请求辞去宣歙观察使的职务。十一月十八日，朝廷任命温璋为宣歙观察使。
兵部侍郎、判户部蒋伸从容地对宣宗说：“近来官职似乎很容易得到，很多人都心存侥幸。”宣宗惊讶地说：“如果真是这样，天下就要大乱了！”蒋伸回答说：“大乱倒还没有发生，但是心存侥幸的人越来越多，发生动乱也并非难事。”宣宗听后连连赞叹。蒋伸起身三次想要告辞，宣宗三次挽留他，说：“以后恐怕再也不能单独和你谈论政事了。”蒋伸没有明白宣宗的言外之意。十二月二十五日，朝廷任命蒋伸为同平章事。
韦宙上奏，称攻克洪州，斩杀毛鹤及其党羽五百多人。韦宙路过襄州时，徐商派遣都将韩季友率领捕盗将跟随他一同前往江西。韦宙抵达江州后，韩季友请求率领部众连夜从陆路秘密行军，等到天亮时，已经抵达洪州，洪州人毫无察觉，当天就平定了叛乱。韦宙上奏朝廷，请求将两百名捕盗将留在江西，任命韩季友为都虞候。
大中十三年，公元859年春季，正月初一，宣宗大赦天下。
三月，朝廷将河东道的云州、蔚州、朔州三州划归大同军管辖。
夏季，四月初五，朝廷任命校书郎于琮为左拾遗内供奉。起初，宣宗想要让于琮娶永福公主为妻，不久之后又中止了这个打算。宰相询问其中的缘故，宣宗说：“朕最近和这个女儿一起吃饭，她竟然当着朕的面折断了筷子。她的性情如此暴躁，怎么能做士大夫的妻子呢！”于是改命于琮娶广德公主为妻。永福公主和广德公主都是宣宗的女儿。
武宁节度使康季荣不体恤士兵，士兵们聚众喧哗，将他驱逐。宣宗因为左金吾大将军田牟曾经镇守过徐州，有才能出众的名声，于是再次任命他为武宁节度使，徐州一带很快就恢复了安定。康季荣被贬到岭南。
六月初八，宣宗封唐宪宗的儿子李惕为彭王。
起初，宣宗的长子郓王李温不受宠爱，居住在十六宅，其他儿子都住在皇宫里。夔王李滋是宣宗的第三个儿子，宣宗十分喜爱他，想要立他为太子，但又因为他不是长子，所以长时间没有册立东宫太子。宣宗服用医官李玄伯、道士虞紫芝、山人王乐炼制的丹药，背上长出毒疮。八月，毒疮发作，病情加重，宰相和朝廷大臣都无法见到宣宗。宣宗暗中将夔王李滋托付给枢密使王归长、马公儒、宣徽南院使王居方，让他们拥立李滋为帝。这三人和右军中尉王茂玄，都是宣宗平日里厚待的人。只有左军中尉王宗实素来与他们意见不合，王归长等人共同谋划，打算将王宗实外调为淮南监军。王宗实已经在宣化门外接受了敕令，正要从银台门出宫，左军副使亓元实对他说：“皇上生病已经一个多月了，中尉您只在宫门外请安问好，今天的调任诏令，真假难辨。您为什么不见见皇上再出宫呢！”王宗实恍然大悟，重新返回宫中，此时皇宫各门已经按照旧例增加了守卫人员。亓元实引导王宗实径直来到宣宗的寝殿，宣宗已经驾崩，宫女们正围着宣宗的遗体痛哭。王宗实斥责王归长等人，指责他们伪造皇帝诏书，王归长等人都跪下来抱住王宗实的脚，请求饶命。王宗实于是派遣宣徽北院使齐元简前往十六宅迎接郓王李温。八月初九，朝廷下诏立郓王李温为皇太子，暂时掌管军国政事，并将李温改名为李漼。王宗实逮捕王归长、马公儒、王居方，将他们全部处死。八月初十，朝廷宣读宣宗的遗诏，任命令狐綯兼任冢宰。
宣宗性情聪慧敏锐，沉着果断，执法公正无私，善于听取劝谏，珍惜官爵赏赐，为人恭敬谨慎，生活节俭，爱护百姓，体恤万物，因此大中年间的政治清明，直到唐朝灭亡，百姓都还思念称颂他，称他为“小太宗”。
八月十三日，唐懿宗李漼即位。八月二十日，懿宗尊奉皇太后为太皇太后。任命王宗实为骠骑上将军。李玄伯、虞紫芝、王乐都被处死。
九月，懿宗追尊自己的母亲晁昭容为元昭皇太后。
懿宗加封魏博节度使何弘敬兼任中书令，任命幽州节度使张允伸为同平章事。冬季，十月初九，懿宗大赦天下。
十一月初七，朝廷任命门下侍郎、同平章事萧邺为同平章事，充任荆南节度使。
十二月初三，朝廷任命翰林学士承旨、兵部侍郎杜审权为同平章事。杜审权是杜元颖弟弟的孙子。
浙东贼寇首领裘甫攻陷象山县，官军屡次战败，明州城门白天都紧闭不开。裘甫率军进逼剡县，部众有一百多人，浙东地区陷入骚动。观察使郑祗德派遣讨击副使刘勍、副将范居植率领三百名士兵，会同台州的军队一同讨伐裘甫。
司空、门下侍郎、同平章事令狐綯执掌朝政多年，嫉妒比自己有才能的人，朝廷内外对他都心怀怨恨，他的儿子令狐高更是凭借权势收受贿赂。宣宗驾崩后，上书言事的人争相揭发令狐綯的短处。十二月十四日，朝廷任命令狐綯为同平章事，充任河中节度使。任命前荆南节度使、同平章事白敏中为守司徒、兼门下侍郎、同平章事。
起初，韦皋担任西川节度使时，开辟青溪道以便沟通蛮族各部，让他们通过蜀地入朝进贡；又挑选蛮族各部的子弟聚集到成都，教他们读书算数，想要用这种方式安抚笼络他们。这些子弟学成之后就返回部落，韦皋又挑选其他子弟前来成都学习。这样过了五十年，在成都学习的蛮族子弟已有近千人，西川军府对供给他们的粮食费用感到十分厌烦。另外，蛮族使者入朝进贡时，贪图朝廷的赏赐，随从的人员日渐增多。杜悰担任西川节度使时，上奏请求削减蛮族使者随从的人数，懿宗下诏批准了他的请求。南诏国王丰佑得知后大怒，他派来祝贺冬至的使者留下奏表，交付巂州后就返回了南诏。丰佑还派人索要之前在成都学习的子弟，送来的文书言辞傲慢。从此以后，南诏不再按时入朝进贡，还经常侵扰唐朝边境。恰逢宣宗驾崩，唐朝派遣宦官使者前往南诏告丧，当时南诏国王丰佑刚刚去世，他的儿子酋龙即位。酋龙愤怒地说：“我国也有国丧，唐朝竟然不来吊唁祭奠；而且诏书还是赐给已故国王的。”于是将唐朝使者安置在城外的馆舍，对他的礼遇十分微薄。使者返回唐朝后，将情况全部上报给懿宗。懿宗因为酋龙没有派遣使者前来告丧，而且酋龙的名字与唐玄宗李隆基的名字发音相近，于是没有对他进行册封。酋龙于是自称皇帝，定国号为大礼，改年号为建极，派遣军队攻陷了播州。
咸通元年，公元860年春季，正月初四，浙东官军与裘甫在桐柏观前交战，副将范居植战死，讨击副使刘勍只身逃脱。正月十四日，裘甫率领部众一千多人攻陷剡县，打开官府仓库，招募壮丁，部众扩充到几千人，越州上下陷入极度恐慌。当时两浙地区长期安定，百姓不习战事，兵器铠甲陈旧锈蚀，官府现有的士兵不足三百人，观察使郑祗德只好招募新兵补充兵力。但负责招募的军吏收受贿赂，招来的都是体弱无力的人。郑祗德派遣子将沈君纵、副将张公署、望海镇将李珪，率领五百名新兵攻打裘甫。二月初十，官军与裘甫在剡县以西交战，裘甫的部众在三溪南面设下埋伏，又在三溪北面列阵，堵住溪流上游，让官军可以涉水而过。两军交战之后，裘甫军假装战败逃走，官军乘胜追击，刚走到溪流中间，叛军突然挖开堵塞的上游，大水汹涌而下，官军大败，三名将领全部战死，士兵几乎全军覆没。从此以后，沿海山区的盗贼以及其他各道的亡命之徒，从四面八方聚集到裘甫麾下，部众达到三万人，分为三十二个小队。其中有谋略的小头目首推刘暀，勇猛善战的则是刘庆、刘从简。各地盗贼都派人送来书信和财物，请求归降裘甫。裘甫自称天下都知兵马使，改年号为罗平，铸造的官印刻着“天平”二字。他大量囤积物资粮草，招募能工巧匠，整治武器装备，声势震动中原地区。
正月十九日，朝廷将圣武献文孝皇帝安葬在贞陵，庙号宣宗。
正月二十九日，白敏中入朝觐见，在上宫殿台阶时不慎摔倒，摔伤腰部，被人用轿子抬回家中。郑祗德接连向朝廷上表告急，同时向相邻各道求救。浙西道派遣牙将凌茂贞率领四百人、宣歙道派遣牙将白琮率领三百人赶赴越州支援。郑祗德起初命令援军驻守在城外城门和东小江一带，不久又将他们召回府中，用来护卫自己。郑祗德犒赏援军的财物，比朝廷度支平常的供给多出十三倍，但宣州、润州的将士仍然觉得不满足。援军将士请求让当地驻军充当向导，以便和叛军交战，官军将领有的谎称生病，有的假装从马上摔下来受伤，愿意出征的人又必定先要求升官晋爵，最终援军始终没有派出。叛军的游动骑兵已经抵达平水以东的小江，越州城里的百姓准备好船只，收拾好粮食，整夜坐着等待天亮，各自谋划着逃跑溃散。朝廷知道郑祗德懦弱胆怯，商议挑选武将接替他的职位。夏侯孜说：“浙东地区山岭海岛幽深险要，叛军可以用计谋智取，难以用武力强攻。武将中没有可以商议对策的人，前安南都护王式虽然是儒生子弟，但在安南任职时，恩威并施，震慑汉族与少数民族，名声传遍远近，可以任用他。”各位宰相都表示赞同。于是朝廷任命王式为浙东观察使，征召郑祗德入朝担任太子宾客。三月初一，王式入朝奏对，懿宗询问讨伐叛军的策略，王式回答说：“只要给我足够的兵力，就一定能攻破叛军。”有宦官侍立在旁边，说：“调发大军，耗费的钱财实在太多了。”王式说：“臣为国家节省开支，看法就不是这样。兵力充足，叛军就能迅速被平定，开支自然可以节省；如果兵力不足，不能战胜叛军，战争拖延下去，叛军的势力就会更加壮大，那么江淮地区的盗贼就会纷纷起来响应，国家的财政开支全部依靠江淮地区供给，如果这一地区被叛军阻断，那么上至皇家祖庙，下到禁军十军，都没有办法供给，耗费的钱财怎么能计算得尽呢！”懿宗回头对宦官说：“应当给他调拨兵力。”于是下诏调发忠武、义成、淮南等各道的军队，交由王式指挥。裘甫分兵劫掠衢州、婺州，婺州押牙房郅、散将楼曾、衢州十将方景深率领士兵占据险要地形抵抗，叛军无法攻入。裘甫又分兵劫掠明州，明州百姓相互商量说：“叛军如果攻入城中，我们的妻子儿女都会被剁成肉酱，何况是财产货物，难道还能保住吗！”于是自发地凑钱招募壮士，整治武器装备，修筑栅栏，挖掘壕沟，拆毁桥梁，做好坚守城池的准备。叛军又派兵劫掠台州，攻破唐兴县。三月十九日，裘甫亲自率领一万多人劫掠上虞县，并纵火焚烧县城。三月二十三日，叛军攻入余姚县，杀死县丞、县尉；向东方攻破慈溪县，进入奉化县，抵达宁海县，杀死宁海县令，占据县城，分兵围攻象山县。叛军所经过的地方，俘虏青壮年，剩下的老弱病残则被践踏致死。
王式接到任命的诏书后，浙东地区的人心逐渐安定下来。裘甫正和部众饮酒，听到这个消息，顿时闷闷不乐。刘暀叹息说：“我们拥有如此多的部众，却还没有确定最终的战略谋划，实在太可惜了！如今朝廷派遣王中丞率领大军前来，听说此人智勇双全，所向无敌，不出四十天就一定会赶到。兵马使应当立即率领军队攻取越州，凭借城池的坚固，占据官府仓库，派遣五千士兵驻守西陵，沿着钱塘江修筑堡垒，抵御官军；大量收集船只，找到机会就长驱直入，攻取浙西地区，渡过长江，劫掠扬州的财物来充实自己的力量；回军后，修缮石头城坚守，宣歙、江西地区一定会有人起来响应。再派遣刘从简率领一万人沿着海岸向南进军，袭取福建。这样一来，朝廷征收赋税的主要地区就全部落入我们手中了。只恐怕我们的子孙守不住这些基业，但在我有生之年，保证可以无忧无虑。”裘甫说：“我喝醉了，明天再商议这件事吧！”刘暀因为裘甫不采纳自己的计策，十分愤怒，便假装喝醉，起身离去。有个名叫王辂的进士身陷叛军之中，被叛军尊为宾客，王辂劝说裘甫道：“刘副使的计谋，是当年孙权所采用的方略。孙权是趁着天下大乱，所以能够占据江东地区；如今国家太平无事，这个功业不容易成功。不如率领部众占据险要地形，固守自保，在陆上耕种，在海上捕鱼，情况危急时就逃到海岛上去，这才是万全之策。”裘甫畏惧王式，犹豫不决。
夏季，四月，王式率军行进到柿口，义成军的军纪涣散，王式想要斩杀义成军的将领，过了很久才赦免他，从此各路军队行军所到之处，秋毫无犯，如同无人之境。王式抵达西陵后，裘甫派遣使者请求投降。王式说：“这一定是叛军假意投降，只是想要窥探我的动向，并且想让我军骄傲懈怠罢了。”于是对使者说：“裘甫如果自己捆绑双手前来投降，就可以赦免他的死罪。”四月十六日，王式进入越州城，交接政务之后，为郑祗德设宴饯行，说：“我主管军政事务，不能饮酒，监军可以和各位宾客尽情畅饮。”一直到夜里，宴席上还点着蜡烛，王式说：“有我在这里，叛军怎么能妨碍大家饮酒作乐呢！”四月十七日，王式在远郊为郑祗德饯行，宴饮之后才返回城中。从此王式开始整顿军纪，那些抱怨军饷不足的人不再吭声，谎称生病卧床的人都起身赴任，先要求升官的人也都沉默不语。叛军的别帅洪师简、许会能率领部众投降，王式说：“你们投降是正确的，应当立下功劳，来显示自己和其他叛军不同。”于是让他们率领部众充当先锋，和叛军交战立功之后，才上奏朝廷授予官职。
在此之前，叛军的间谍潜入越州城，军吏将他们藏起来，供给饮食。州府的文武官员也常常暗中与叛军勾结，祈求城池被攻破的时候，能够保全自己的性命和妻子儿女。有的人假装引诱叛军将领前来投降，实际上是窥探官军的虚实。城里官员私下谋划的密语，叛军都能知道。王式暗中查明了这些情况，将通敌的人全部逮捕，处斩示众；又处死了几名特别蛮横狡猾的军吏，严格管制城门的守卫，没有经过查验的人不能随便出入，夜里的警戒防守十分严密，叛军从此再也无法探知官军的动向。王式命令各州县打开粮仓，赈济贫苦百姓，有人说：“叛军还没有消灭，军粮正供应紧张，不能散发粮食。”王式说：“这就不是你能明白的了。”官军缺少骑兵，王式说：“前些年发配到江淮地区的吐蕃、回鹘族人，这些人熟悉山地险要，擅长骑马，可以任用。”于是在官府的户籍中查找到一百多名骁勇强健的人。这些少数民族人长期流落他乡，当地驻军对他们非常无礼，他们穷困饥饿到了极点。王式不仅设宴犒劳他们，还救济他们的父母妻儿，这些人都感动得哭着跪拜欢呼，愿意为朝廷效死力。王式将他们全部编入骑兵，让骑兵将领石宗本率领。凡是在管辖区域内的吐蕃、回鹘族人，都按照这个标准收编。王式又上奏朝廷，调来龙陂监的两百匹战马，这样骑兵的兵力就充足了。有人请求设置烽火台，用来侦察叛军的远近和人数多少，王式笑着没有回应。他挑选体弱的士兵，让他们乘坐强健的战马，配备少量兵器，派他们担任侦察骑兵，众人觉得很奇怪，但不敢发问。于是王式检阅各军营现有的士兵以及民间土团的子弟，得到四千人，派他们引导官军分路讨伐叛军。州府治所没有守卫的士兵，王式又登记了一千名土团子弟来补充兵力。然后命令宣歙将领白琮、浙西将领凌茂贞率领本部军队，北方调来的将领韩宗政等人率领土团士兵，合计一千人；命令石宗本率领骑兵作为先锋，从上虞县赶赴奉化县，解除象山县的围困，这支军队号称东路军。又命令义成将领白宗建、忠武将领游君楚、淮南将领万璘率领本部军队，与台州、唐兴县的军队会合，这支军队号称南路军。王式下令说：“不要争抢险要或平坦的地形，不要焚烧百姓的房屋，不要杀害平民来冒充斩获的叛军首级；被叛军胁迫跟随的平民，要招募他们归降；缴获叛军的金银财物，官府一律不予追究；俘虏的叛军，都是越州人，要释放他们。”
四月二十四日，南路军攻克叛军的沃州寨；四月二十五日，又攻克新昌寨，打败叛军将领毛应天，进军抵达唐兴县。
白敏中三次上表请求辞去相位，懿宗没有准许。右补阙王谱上疏说：“陛下刚刚开始治理天下，正是宰相尽心竭力的时候，宰相职位不能片刻空缺。白敏中从正月就卧病在床，如今已经到了四月，陛下虽然和其他宰相坐在一起谈论政事，但每次都不超过三刻钟，天下的事务，陛下难道有闲暇和他们深入讨论吗！希望陛下准许白敏中辞官，寻访德高望重的贤臣，来辅佐陛下，开阔陛下的见闻。”四月三十日，朝廷将王谱贬为阳翟县令。王谱是王珪的六世孙。五月初一，给事中郑公舆将贬谪王谱的敕书封还。懿宗命令宰相商议这件事，宰相认为王谱诋毁白敏中，最终还是将王谱贬官。
五月初二，浙东东路军在宁海县打败叛军将领孙马骑。五月初九，南路军在唐兴县南面的山谷大败叛军将领刘暀、毛应天，斩杀毛应天。
此前，王式因为兵力不足，上奏朝廷请求再调发忠武、义成两军，并且请求调发昭义军，懿宗下诏批准。三道的军队抵达越州后，王式命令忠武将领张茵率领三百人驻守唐兴县，切断叛军向南逃窜的道路；命令义成将领高罗锐率领三百人，加上台州的当地驻军，径直赶赴宁海县，攻打叛军的巢穴；命令昭义将领跌戣率领四百人，增援东路军，切断叛军进入明州的道路。五月十一日，南路军在海游镇大败叛军，叛军逃入甬溪洞。五月十九日，官军驻扎在洞口，叛军从洞中出来交战，又被官军击败。五月二十日，高罗锐袭击叛军别帅刘平天的营寨，将其攻破。从此以后，各路官军与叛军交战十九次，叛军接连战败。刘暀对裘甫说：“当初你如果听从我的计谋，率军攻取越州，怎么会陷入今天这样的困境呢！”有王辂等几名进士身陷叛军之中，都身穿绿色官服，刘暀将他们全部斩首，说：“扰乱我计谋的人，就是这些青虫！”高罗锐攻克宁海县，收容逃散的百姓，得到七千多人。王式说：“叛军陷入窘迫饥饿的境地，一定会逃到海上，如果让他们逃到海上，那么几年之内都很难将他们擒获。”于是命令高罗锐率军驻守海口，抵御叛军；又命令望海镇将云思益、浙西将领王克容率领水军在海岸巡逻。云思益等人在宁海县以东遭遇叛军将领刘从简，叛军没有料到水军会突然赶到，都丢弃船只，逃到山谷之中，官军缴获叛军的十七艘船只，全部放火焚烧。王式说：“叛军已经无处可逃了，只有黄罕岭可以进入剡县，只可惜没有兵力驻守这个险要关口。即使这样，叛军也难逃被擒获的命运！”裘甫失去宁海县之后，率领部众驻扎在南陈馆一带，部众还有一万多人。五月二十二日，东路军在上疁村打败叛军将领孙马骑，叛军将领王皋畏惧官军的威力，请求投降。
五月二十三日，右拾遗内供奉薛调上疏说：“战争爆发以来，官府征税毫无节制，各地的盗贼，有一半是逃亡的农户。固然应当将盗贼剿灭，但也应该怜悯这些百姓的处境。希望陛下敕令各州县，除了正常的赋税之外，不得再进行摊派勒索，同时敕令地方长官严格监督检查。”懿宗采纳了他的建议。
五月二十九日，浙东东路军在南陈馆大败裘甫，斩杀叛军几千人。叛军丢弃的丝绸布匹堆满道路，企图以此延缓官军追击的速度。跌戣下令士兵：“敢回头张望的人，一律斩首！”士兵们没有一个人敢违抗命令。叛军果然从黄罕岭逃走，六月初五，再次攻入剡县。各路官军因为没有抓到裘甫，不知道他的去向。义成将领张茵在唐兴县俘获一名叛军俘虏，准备对他用刑，俘虏说：“叛军已经攻入剡县了。如果您放了我，我愿意充当官军的向导。”张茵采纳了他的建议，率军紧随叛军之后，在裘甫进入剡县的第二天也赶到了，在县城的东南面扎下营寨。越州府衙听说裘甫进入剡县，再次陷入极度恐慌。王式说：“叛军这是前来送死，等着被擒获罢了！”命令东路、南路两路大军迅速赶往剡县会合。六月十二日，官军将剡县团团围住。叛军防守城池十分坚固，官军攻打了很久，都无法攻破。将领们商议截断溪水，让城中的叛军无水可喝。叛军得知这个计谋后，就出城与官军交战。三天之内，双方一共交战八十三次，叛军虽然战败，但官军也疲惫不堪。叛军请求投降，将领们出城将这个消息禀报给王式，王式说：“叛军只是想要稍微休整一下罢了，你们要更加严密地防备，大功马上就要告成了。”叛军果然再次出城交战，官军又与叛军打了三场仗。六月二十一日夜里，裘甫、刘暀、刘庆率领一百多人出城投降，远远地和官军将领对话，走到距离城墙几十步的地方，官军迅速冲上前去，截断叛军的退路，于是将裘甫等人全部擒获。六月二十三日，裘甫等人被押送到越州，王式下令将刘暀、刘庆等二十多人腰斩，将裘甫戴上刑具，押送京城。剡县城池还没有被攻破，将领们因为已经擒获裘甫，就不再设置防备。刘从简率领五百名壮士突破包围逃走，将领们率军追击到大兰山，刘从简占据险要地形坚守。秋季，七月初八，将领们合力攻克大兰山。台州刺史李师望招募叛军士兵，让他们互相捕杀，来赎自己的罪过，有几百名叛军投降，李师望最终得到刘从简的首级，献给朝廷。将领们率军返回越州，王式大摆宴席庆功。将领们于是向王式请教说：“我们这些人在军营中长大，久经沙场，今年有幸跟随您攻破叛军，但心中有一些疑问，冒昧地向您请教：您刚到越州的时候，军粮正十分紧张，您却立即打开粮仓，赈济贫苦百姓，这是为什么呢？”王式说：“这个道理很容易明白，叛军囤积粮食，是为了引诱饥饿的百姓投靠他们，我把粮食分给百姓，他们就不会去做盗贼了；况且各州县没有守卫的士兵，如果叛军赶到，粮仓里的粮食正好为他们提供了补给。”将领们又问：“您不设置烽火台，这是为什么呢？”王式说：“设置烽火台，是为了召唤救兵，如今我的兵力全部派出去了，城中没有剩余的兵力可以增援，设置烽火台只能惊扰士兵和百姓，让他们自行溃散罢了。”将领们又问：“您让体弱的士兵担任侦察骑兵，并且只给他们配备少量兵器，这是为什么呢？”王式说：“如果让勇猛的士兵手持锐利的兵器担任侦察骑兵，他们遇到敌人，就会不自量力地与之交战，一旦战死，那么叛军赶到了，我们也无法知道。”将领们听完之后，都跪拜说：“这些都是我们想不到的啊！”
朝廷册封唐宪宗的儿子李丐为信王。八月，裘甫被押送到京城，在东市斩首。朝廷加封王式为检校右散骑常侍，各路将领也都根据功劳大小，得到不同的奖赏。此前，懿宗常常为越州的叛军感到忧虑，夏侯孜说：“王式的才能绰绰有余，不久就会传来捷报。”夏侯孜写信给王式说：“您专心捉拿裘甫就可以了，军队所需的物资，无论大小，我都会尽力供给。”因此王式上奏朝廷请求的东西，没有一样不被批准，他也因此能够成功讨平叛军。
九月，白敏中五次上表请求辞去相位。九月初四，朝廷任命白敏中为司徒、中书令。
九月二十六日，右拾遗句容人刘邺上疏说：“李德裕父子担任宰相时，有显着的政绩和功劳，自从被流放以来，亲属几乎死尽，家产也已经耗尽，陛下应当对他施以怜悯，追赠他一个官职。”冬季，十月初十，懿宗下诏恢复李德裕太子少保、卫国公的官爵，追赠他为左仆射。
十月二十四日，朝廷任命门下侍郎、同平章事夏侯孜为同平章事，充任西川节度使；任命户部尚书、判度支毕諴为礼部尚书、同平章事。
安南都护李鄠重新收复播州。
十一月二十七日，懿宗在圆丘举行祭祀大典，大赦天下，改年号为咸通。
十二月二十八日，安南的土着蛮族引导南诏军队，合计三万多人，趁虚攻打交趾城，将城池攻破。安南都护李鄠与监军逃往武州。