李由就任南阳郡守后，将其在三川郡积累的治理经验进一步发扬光大，同时根据南阳郡的实际情况，采取了更为系统且富有成效的施政策略。，不仅得到了朝廷的认可，更难得的是赢得了南阳百姓发自内心的称颂。
南阳郡地处南北要冲，土地肥沃，但也因战乱和以往吏治不清，存在豪强兼并、水利失修、盗匪时有出没等问题。后，首先从整顿吏治入手。他仿效其父李斯推行《拨乱反正令》时的铁腕，但又结合了扶苏皇帝仁政的理念，对郡内官吏进行严格考核。罢黜了一批贪腐无能、欺压百姓的胥吏，提拔了一些出身寒微但能力出众、熟知民情的干才。他明确告诫属下：“为官一任，造福一方。朝廷新政，意在安民，非是让我等作威作福！”
数年间，南阳郡面貌焕然一新。仓廪渐实，田野日辟，以往常见的流民乞丐大为减少，市集也日渐繁荣。百姓们或许不知道太多大道理，但他们能真切地感受到，在新郡守的治理下，日子比以前好过了，负担减轻了，安全感增加了。乡野之间，开始流传起对李郡守的赞誉之词，称其“清正廉明”、“爱民如子”。
这些民间口碑通过监御史的奏报传到咸阳，扶苏皇帝览奏大悦，对李斯称赞道：“李由颇有父风，能体朕意，实乃干吏！” 李斯心中自是欣慰，但依旧保持着清醒，只是谦逊地回应：“此乃陛下仁政教化所致，犬子不过恪尽职守罢了。”
李由凭借着实干与政绩，不仅稳固了自身地位，也为李氏家族赢得了更为扎实的声誉，证明了其家族并非仅靠权术，亦有经世济民之能。