强制迁徙豪强，如同砍掉了六国故地可能滋生出反抗力量的“蛇头”。然而，始皇和李斯都清楚，仅仅如此还不够。数百年的分裂统治，在广大民众心中留下的地域观念和对故国的怀念之情，并非一朝一夕能够消除。博浪沙的刺杀、坑儒事件中方士儒生的诽谤，都证明了“反心”并未根除，只是转入了地下。
为了进一步弱化、乃至彻底铲除六国遗民的反秦意识，一套组合拳式的文化专制和思想禁锢政策，在李斯的主持下，被更加强力地推行开来。
他明确提出：“臣请史官非秦记皆烧之。非博士官所职，天下敢有藏《诗》、《书》、百家语者，悉诣守、尉杂烧之。有敢偶语《诗》《书》者弃市。以古非今者族。吏见知不举者与同罪。令下三十日不烧，黥为城旦。所不去者，医药卜筮种树之书。若欲有学法令，以吏为师。”
这道奏疏，得到了正处于对知识分子极度不信任状态下的始皇的全力支持。诏令颁下，一场文化浩劫席卷帝国。各郡县官吏带着兵卒，挨家挨户搜查，将搜出的儒家经典、诸子百家着作，以及六国史书，堆放在广场上，付之一炬！冲天的火光和浓烟，在许多城市上空弥漫多日，无数先贤智慧的结晶，化为灰烬。敢于私下讨论《诗》《书》者，被处以极刑；以古非今者，更是要株连家族。
在推行这些高压政策的同时，帝国也在不遗余力地宣扬秦的正统性和皇帝的至高功业。各地刻石颂德的活动更加频繁，内容无一不是强调皇帝“功盖五帝，泽及牛马”，宣扬“器械一量，同书文字”的功绩，警告“六王专倍，贪戾傲猛，率众自强暴虐姿”的下场。官方舆论试图用这种铺天盖地的宣传，来覆盖和取代民众对故国的记忆。
然而，高压之下，反抗往往以更隐蔽的形式存在。在旧楚地，有人将楚辞偷偷刻在竹简内侧，外面再覆盖一层无关的文字；在旧齐地，有儒生冒着杀头的危险，将经典口耳相传；在民间，祭祀故国神灵、传唱故国歌谣的现象，虽然转入地下，却并未绝迹。
“防民之口，甚于防川。”李斯并非不懂这个道理。但他认为，在帝国初建、人心未附的特殊时期，必须用雷霆手段来确立新的意识形态权威。他相信，只要经过一两代人的时间，在新的教育体系和舆论环境下成长起来的人，自然会逐渐淡忘故国，认同大秦。
但他或许低估了文化传统的韧性和民众内心的真实情感。焚烧书籍能毁灭物质的载体，却难以彻底焚毁深植于人心的记忆与认同。“以吏为师”能培养出合格的官吏，却无法培养出真正的思想认同。那些被强制迁徙到关中的豪强，那些在乡野间默默坚守的遗民，他们的仇恨与怀念，如同地下的暗火，在严酷的冰层下默默燃烧，等待着某个时机，或许就会再次爆发出来。
弱化反心的政策，在表面上取得了成功，帝国似乎更加“整齐划一”。但在这统一的表象之下，精神的裂痕并未弥合，反而在某些方面变得更加深刻。